TABLE 2.

DNA microarray hybridization profiles of the two USA300 reference strains FPR3757 and TCH1516, M05/0060, its cured derivative M05/0060-C1, the S. aureus recipient strain XU21, and its transconjugant derivative XU21-T1a

ClassGene(s)Hybridization result forb:
USA300-FPR3757USA300-TCH1516M05/0060M05/0060-CIXU21XU21-T1
Species markerskatA, coa, nuc, spaPOSPOSPOSPOSPOSPOS
agr groupagr group IPOSPOSPOSPOSPOSPOS
SCCmec-associated markersmecAPOSPOSPOSPOSNEGNEG
ΔmecRPOSPOSPOSPOSNEGNEG
mecR/1NEGNEGNEGNEGNEGNEG
ccrA/B-1NEGNEGNEGNEGNEGNEG
Q9XB68-dcsPOSPOSPOSPOSNEGNEG
ccrA/B-2POSPOSPOSPOSNEGNEG
kdp-SCC locusNEGNEGNEGNEGNEGNEG
ccrA/B-3NEGNEGNEGNEGNEGNEG
ccrC, ccrA/B-4NEGNEGNEGNEGNEGNEG
Antimicrobial resistance genesblaZ/I/RNEGPOSPOSPOSNEGNEG
erm(A), erm(B)NEGNEGNEGNEGNEGNEG
erm(C)POSNEGNEGNEGNEGNEG
lnu(A)NEGNEGNEGNEGNEGNEG
msr(A), mph(C)NEGPOSPOSPOSNEGNEG
aacA-aphDNEGNEGNEGNEGNEGNEG
aadDNEGNEGNEGNEGNEGNEG
aphA3/satNEGPOSPOSPOSNEGNEG
dfrS1NEGNEGNEGNEGNEGNEG
far1NEGNEGNEGNEGNEGNEG
mupAPOSNEGNEGNEGNEGNEG
tet(K)POSNEGNEGNEGNEGNEG
tet(M)NEGNEGNEGNEGNEGNEG
catNEGNEGNEGNEGNEGNEG
cfrNEGNEGPOSNEGNEGPOS
fexANEGNEGPOSNEGNEGPOS
Virulence-associated genestst1NEGNEGNEGNEGNEGNEG
sea, seb, see, sehNEGNEGNEGNEGNEGNEG
sec/l, sed/j/rNEGNEGNEGNEGNEGNEG
seg/i/m/n/o/uNEGNEGNEGNEGNEGNEG
sek/qPOSPOSPOSPOSNEGNEG
lukF/S-PVPOSPOSPOSPOSNEGNEG
lukF/S-hlg, hlgAPOSPOSPOSPOSPOSPOS
sak/chp/scnPOSPOSPOSPOSNEGNEG
etA/B/CNEGNEGNEGNEGNEGNEG
edinA/B/CNEGNEGNEGNEGNEGNEG
arcA/B/C/DPOSPOSPOSPOSNEGNEG
Capsule typeCapsule type 5POSPOSPOSPOSPOSPOS
Capsule type 8NEGNEGNEGNEGNEGNEG
  • a The StaphyType kit (Alere Technologies, Jena, Germany) was used for DNA microarray analysis of isolates, reference strains, and derivatives. Full data sets are available upon request.

  • b POS, positive (i.e., yielded a hybridization signal corresponding to the gene indicated); NEG, negative (i.e., failed to yield a hybridization signal corresponding to the gene indicated). FPR3757 and TCH1516 are two USA300 reference strains for which full-genome sequences are available (accession numbers CP000255 and CP000730, respectively).